Санхүүгийн алба нь 2006 оноос хойш бие даасан бүтэцтэйгээр тус байгууллагын хөгжлийн стратеги зорилтуудтай уялдуулан хөрөнгө нөөцийг төлөвлөх, хуримтлуулах, оновчтой хуваарилах, зарцуулах мөн цаг хугацаанд нь санхүүгийн болон бусад татварын тайлангуудыг үнэн зөв тайлагнаж ажиллаж байна. Тус албаны одоогийн бүтэц нь Санхүү албаны дарга, Ерөнхий нягтлан бодогч, Ахлах нягтлан бодогч, Шатах тослох материал, Сэлбэг хэрэгсэл, Хангамжийн материал, Үндсэн хөрөнгө, Мөнгөн хөрөнгө, цалин хөлс хариуцсан 5 нягтлан бодогч, 6 нярав, бүртгэлийн ажилтан, эдийн засагч, 6 түлш түгээгч, мөн оёдлын цехэд дизайнер, 2 оёдолчин нийт 25 хүний бүтэц зохион байгуулалттай. Санхүү алба нь Монгол Улсын хууль тогтоомжийн хүрээнд нягтлан бодох бүртгэлийн бодлого, процедурыг оновчтой тогтоож санхүүгийн сахилга батыг бэхжүүлэх, нягтлан бодох бүртгэлийн олон улсын стандартыг мөрдөж ажиллах, удирдлагыг үнэн зөв мэдээллээр хангах, гүйцэтгэж байгаа ажилд бүртгэлээр тавих хяналтыг сайжруулж хамгийн бага зардлаар чанартай гүйцэтгэлийг бий болгох зорилтуудыг тавин ажиллаж байна. Албаны санхүүгийн үйл ажиллагаа нь: